L’organisation interne de la FPMA Port-Royal Arago est la suivante :
L’Assemblée des Communiants, l’organe de décision le plus élevé de la paroisse qui est composé des membres responsables.
Le Conseil Presbytéral composé de 12 diacres, élus pour deux ans par l’Assemblée des Communiants.
Les Membres du Bureau Paroissial sont élus par les diacres.
Le Pasteur est membre d’office du Bureau Paroissial.
Le Comité Paroissial, comprenant les diacres et les membres du bureau des sections.
Les Sections, au nombre de 7 actuellement, constituent les principaux centres d’activités de la paroisse :
AMF : Chorale Fiderana (Antoko Mpihira Fiderana),
SFI : Groupe de Réveil (Sampana Fifohazana),
SLK : Hommes ( Sampana Lehilahy Kristiana )
SSA : Ecole du Dimanche (Sampana Sekoly Alahady),
STK : Jeunes Chrétiens (Sampana Tanora Kristianina),
SVK : Cercle Féminin (Sampana Vehivavy Kristianina),
SZM : Musique et Orchestration (Sampana Mozika sy Zava-maneno).
Les Contrôleurs Financiers, désignés par l’Assemblée des Communiants, vérifient les comptes de la paroisse, et contribuent à l’amélioration de la gestion financière par leurs conseils et recommandations.